O Museu das Missões fica localizado dentro do Sítio Histórico São Miguel Arcanjo, em São Miguel das Missões, RS, cujos remanescentes foram reconhecidos pela UNESCO, em dezembro de 1983, como Patrimônio Cultural da Humanidade.

A criação oficial do museu se deu através da promulgação do Decreto-lei nº 2.077, de 8 de março de 1940, pelo presidente Getulio Vargas, com a finalidade principal de “reunir e conservar as obras de arte ou de valor histórico relacionadas com os Sete Povos das Missões Orientais, fundados pela Companhia de Jesus naquela região do país”. Seu acervo museológico institucional é composto por uma rica coleção de esculturas missioneiras em madeira policromada dos séculos XVII e XVIII, sendo a maior coleção pública do Mercosul nesse gênero.

Projetado pelo eminente arquiteto e urbanista Lucio Costa, o Museu das Missões foi, por muito tempo, o único museu dedicado especialmente ao tema “Missões”, sendo que somente anos mais tarde seriam criadas instituições semelhantes na Argentina e no Paraguai.

O Museu das Missões é composto por duas edificações: o Pavilhão Lúcio Costa, que abriga a exposição de longa duração do museu e a Casa do Zelador, que atualmente possui o Núcleo Expositivo Memória e História, além de abrigar a estrutura de gestão da unidade museológica.  A Casa do Zelador, portanto, passou a ter novas funções ao longo do tempo, pois o espaço foi planejado pelo arquiteto Lucio Costa como habitação para a família do primeiro zelador do museu, Sr. João Hugo Machado.

Atualmente o museu integra a estrutura do Instituto Brasileiro de Museus – IBRAM, autarquia vinculada ao Ministério da Cidadania, tendo como missão, segundo o Plano Museológico de “preservar, pesquisar e difundir a memória e a história dos 30 Povos das Missões, através de ações que estimulem, na comunidade local e visitantes, a reflexão sobre o legado cultural de antiga Redução de São Miguel Arcanjo, região missioneira do Rio Grande do Sul”.

Ao visitar o Museu das Missões, pode-se entrar em contato com os remanescentes históricos e arquitetônicos dos povoados missionais dos séculos XVII e XVIII, bem como com os descendentes desta esperiência: os índios Guarani. De terça-feira a domingo, grupos de índios da Aldeia Guarani Tekoá Koenju (Aldeia Alvorecer), do interior de São Miguel das Missões, RS, se reúnem sob o alpendre do museu com seus itens artesanais, produzidos por eles na própria aldeia.

 Além disso, no ano de 2014, foi registrado pelo Iphan como Patrimônio Cultural do Brasil a Tava, Lugar de Referência para a memória e a identidade do povo Guarani. Segundo registros e pesquisas sobre esse lugar sagrado, a Tava foi construída e habitada pelos ancestrais dos Guarani, a pedido da  sua divindade, Nhanderu.  No ano de 2018 a Tava também foi reconhecida oficialmente como Patrimônio Cultural do MERCOSUL. 

Para os Guarani-Mbyá, a Tava é um local onde viveram seus antepassados, que construíram estruturas em pedra nas quais deixaram suas marcas, e parte de suas corporalidades, por conter os “corpos” dos ancestrais que se transformaram em imortais; onde são relembradas as ‘belas palavras’ do demiurgo Nhanderu. Nesses locais, é possível vivenciar o bom modo de ser Guarani-Mbyá e esse modo de viver permite tornar-se imortal e alcançar Yvy Mara Ey (a Terra sem Mal).

Assim, ao contemplar as esculturas feitas pela mão do índio há séculos atrás, ainda é possível ouvir o soar da flauta indígena por entre as colunas de pedra do museu.