Seguindo a missão institucional e o planejamento estratégico do Museu das Missões, o Núcleo de restauração da unidade mostra-se fundamental na conservação do acervo museológico institucional.
Devido à passagem de um tornado na cidade de São Miguel das Missões, RS, acontecimento desastroso ocorrido em abril de 2016, o museu foi atingido e peças do acervo foram danificadas. Com isso, os trabalhos do Núcleo de Conservação e Restauro do Museu das Missões foram intensificados, tendo em vista as atividades de higienização, conservação e reconstituição do acervo afetado.
Desde o ano de 1988, o museu conta com um restaurador para realizar as atividades de manutenção do acervo. No entanto, atualmente este profissional cumpre a função de diretor da unidade museológica.
