O acervo museológico institucional do Museu das Missões representa a maior coleção pública de imagens missioneiras em madeira policromada dos séculos XVII e XVIII do Mercosul, e por essa razão é uma das coleções mais importantes para a compreensão da experiência histórica dos chamados Trinta Povos das Missões Jesuíticas dos Guarani, que abrangiam os atuais territórios de Brasil, Paraguai e Argentina.
No Pavilhão Lucio Costa – área expositiva – encontram-se esculturas em grande parte elaboradas nas oficinas e ateliers dos Sete Povos das Missões Orientais, no atual território do Rio Grande do Sul (Brasil), como nos povoados de São João Batista, São Lourenço Mártir, Santo Ângelo Custódio, São Miguel Arcanjo.
Estas esculturas representam as manifestações da arte indígena colonial da época, expressando a interação e trocas culturais entre os povos nativos e os missionários europeus. Além de imagens em madeira policromada, o acervo também é composto por peças em arenito e artefatos de metal, como os Sinos Missioneiros.