A história do Museu das Missões está intimamente vinculada às reduções indígeno-jesuíticas na América do Sul. Entretanto, é relevante apontar que o Museu das Missões somente surge enquanto tal a partir do olhar de Lucio Costa para as ruínas das reduções, que começaram a ser esvaziadas já em meados do século XVIII. Foi o impacto de sua visita às ruínas do sítio de São Miguel das Missões o que sustentou sua argumentação pela fundação de um museu que viesse a figurar como um símbolo das missões jesuíticas em território brasileiro.

O relatório técnico elaborado por Lucio Costa a respeito de seu trabalho de reconhecimento do sítio de São Miguel das Missões transforma-se em elemento central na constituição de um novo plano de construção de museus no Brasil, adicionando ao quadro inicial os museus regionais. São fundados, então, até meados da década de 1940, três importantes museus regionais: o Museu das Missões, no Rio Grande do Sul; o Museu da Inconfidência, inaugurado em 1944, e o Museu do Ouro, aberto ao público em 1946, ambos localizados em Minas Gerais.

O planejamento de Lúcio Costa para o Sítio São Miguel Arcanjo é abrangente e de acentuado caráter didático. No que tange ao museu, fica explícita sua função interpretativa que, conjugando edificação e museografia, visava a auxiliar o visitante a compreender o espaço do antigo povoado indígena. A edificação do museu atendeu à sugestão de concentrar num só lugar as peças de escultura de madeira policromada e fragmentos arquitetônicos que fizeram parte das Reduções Jesuíticas dos Guarani. Ao que tudo indica, a intenção era tornar os remanescentes de São Miguel Arcanjo e o Museu das Missões em lugares de interpretação da experiência histórica dos povoados missionais no sul do país. Por bastante tempo este foi o único museu sobre o tema, visto que instituições semelhantes na Argentina e Paraguai foram criadas somente anos mais tarde.

Assim, antes de sua fundação, o prédio do museu teve de ser desenhado e construído especialmente para abrigar o acervo que ia sendo recolhido pelo primeiro zelador do museu, João Hugo Machado, em espaços domésticos ou em capelas comunitárias da região. Juntamente com sua família, João Hugo dedicou parte significativa de sua vida aos cuidados com essa unidade museológica localizada fora dos grandes centros urbanos.

O Museu das Missões foi, então, fundado em 1940 e aberto ao público em agosto de 1941, sendo concebido inicialmente como um simples abrigo aberto para as obras de arte , ruínas e rastros das reduções missionais que reuniram povos indígenas sul-americanos aos jesuítas. Pouco tempo após sua inauguração, houve o fechamento das alas do museu com painéis de vidro transparente, igualmente proposto por Lucio Costa.

Na época de sua edificação, o museu pertencia ao Serviço do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (SPHAN), hoje Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (IPHAN). Mas em 2004, o Museu das Missões foi alçado à condição de Unidade Museológica, com sua diretoria separada do escritório técnico do IPHAN-Missões. Dois anos depois, passou a ser vinculado diretamente ao Departamento de Museus e Centros Culturais (DEMU-IPHAN).

A partir da criação do Instituto Brasileiro de Museus, em 2009, os estreitos vínculos entre o Museu das Missões e o IPHAN se modificam. A primeira unidade museológica construída pelo IPHAN no país passa então a ser administrada diretamente pelo IBRAM e não mais pela Superintendência do IPHAN no Rio Grande do Sul.

Com isso, em 2010 novos servidores públicos entram em exercício na unidade museológica, fortalecendo sua equipe técnica, a qual, busca constantemente reforçar o papel central da instituição na valorização da história missioneira e das complexas organizações sociais e culturais que deram forma a o Museu das Missões.

Hoje, fiel guardião do maior conjunto público de imagens missioneiras em madeira policromada dos séculos XVII e XVIII do Mercosul, o Museu das Missões convida todos a apreciar seus encantos, permitindo-se refletir criticamente sobre o fenômeno missional enquanto uma das peças fundamentais de constituição da história dos povos brasileiros e sul-americanos.

Seja bem-vindo ao Museu das Missões!